L'île de Borkum se situe en mer du Nord, plus exactement dans la zone de vasières dites mer de Wadden, classée au patrimoine mondial de l'UNESCO.
Elle fait partie du groupement des îles de Frise orientale et est, comme toutes ses voisines, intégrée au sein du parc naturel de la mer de Wadden (Wattenmeer en allemand, qui tire son nom du Watt, la vasière).
